La separación patrimonial significa que los recursos acumulados en los Fondos de Pensiones pertenecen a los afiliados y no tienen ninguna relación con el capital de la Administradora. La Administradora, como empresa tiene un capital propio cuyo monto mínimo está fijado por la ley. La función de la AFP es administrar los recursos de los Fondos por cuenta de los trabajadores y todas las ganancias que se producen por la inversión de dichos recursos pertenecen a los trabajadores y van a aumentar los saldos acumulados en las respectivas cuentas individuales.

Por lo tanto, el patrimonio de la Administradora y los recursos acumulados en las cuentas de capitalización individual están completamente separados y las situaciones financieras de la Administradora no afectan al Fondo de Pensiones.